Hypnotize salió en noviembre de 2005 como la segunda mitad de un proyecto doble, seis meses después de Mezmerize (mayo de 2005). Ambos discos se grabaron en las mismas sesiones y mantienen la misma línea estilística. Llegaron tras el enorme éxito de Toxicity (2001), y el grupo se tomaría después un largo parón de quince años sin material nuevo.
La crítica recibió Hypnotize de forma mayoritariamente favorable, aunque con menos entusiasmo que Mezmerize. Se elogió que mantuviera la energía impredecible de la banda: riffs nerviosos, cambios bruscos de ritmo, melodías de raíz armenia y la interacción vocal entre Tankian y Malakian. Debutó en el número 1 de la lista Billboard 200 de Estados Unidos, lo que dejó a System of a Down con dos números 1 en un mismo año. Singles como «Hypnotize» y «Lonely Day» funcionaron bien, y el disco reforzó su estatus como una de las bandas más singulares del metal alternativo. Entre las reservas habituales, se señaló cierta sensación de «caras B» o descartes respecto a su gemelo, y un material algo más desigual.
Con el tiempo, el disco se valora como una pieza sólida y más oscura que su predecesor, y el conjunto de Mezmerize/Hypnotize se considera hoy una despedida creativa de la primera etapa de la banda. Muchos fans lo ven como un trabajo notable, aunque por debajo de Toxicity y Mezmerize en profundidad y memorabilidad. Las canciones centrales («Hypnotize», «Lonely Day», «Soldier Side») han envejecido bien, mientras que algunos cortes se perciben como menos esenciales. Visto como segunda parte de un díptico, funciona mejor que como álbum aislado.